In den letzten Jahren zunehmend häufiger angewendete Methode bei der Frage nach einem M. Crohn. Nach Gabe von 1,5 l Wasser oral sowie einer zusätzlichen rektalen Gabe von Wasser mit Methylzellulose können die Darmschlingen nach vorheriger medikamentöser Ruhigstellung beurteilt werden. Entgegen der Sellink-Untersuchung kann nicht nur das Darmlumen, sondern auch die Darmwand beurteilt werden. Zusätzlich können die umgebenden Strukturen und Organe sowie eventuelle weitere Befunde (Fisteln, Abszesse) beurteilt werden. Bei der MRT Untersuchung werden keine Röntgenstrahlen verwendet.