Molekularbiologischer Nachweis von Bakterien und Pilzen aus primär sterilen Materialien

Zweck der Untersuchung

Das Untersuchungsverfahren dient dem direkten molekularbiologischen Nachweis und der Identifikation von Bakterien und Pilzen aus primär sterilem Material ohne vorherige kulturelle Anzucht. Das Verfahren kann insbesondere eingesetzt werden, wenn schwer anzüchtbare Keime vermutet werden. Darüber hinaus ist das Verfahren aber auch zum Nachweis von jeglicher Monoinfektion in primär sterilem Material geeignet.

Prinzip der Untersuchungsmethode

Das Verfahren beruht auf der Amplifikation von konservierten Abschnitten von bakteriellen oder fungalen Genen (ribosomaler DNA), welche eine Amplifikation bei unbekanntem Erreger ermöglichen (eubakterielle, panfungale PCR). Über Sequenzierung von polymorphen Abschnitten des Amplifikats kann eine Genus- oder Spezies-Identifikation erfolgen. Es werden folgende DNA-Zielsequenzen benutzt: Bakterien: 16S-rDNA, Pilze: 18S-28S ITS.
Das Prinzip hierbei ist die Amplifikation mit Primern, welche in stark konservierten Bereichen der entsprechenden Gene binden. Die Amplifikation ist damit unabhängig von Genus und Spezies des Isolates (universell). Das Amplifikat selbst überspannt Regionen, welche wiederum Genus und Spezies-spezifisch sind (Sequenz­variationen). Eine Sequenzierung des Amplifikats mit anschließendem Abgleich in Datenbanken erlaubt somit eine Identifikation vorher unbekannter Erreger.