DIE NCOUNTER CORE FACILITY
Die nCounter Core Facility ist Teil der CellNetworks Core Technology Platform der Universität Heidelberg und befindet sich am Institut für Humangenetik. Die Facility bietet modernste Expressionsanalysetechnologie (nanoString Technologies) für mRNA- und miRNA-Profiling, aber auch für verschiedene DNA-Analysen (CNVs). Darüber hinaus ermöglicht der GeoMx Digital Spatial Profiler (nanoString Technologies) multizelluläres digitales räumliches Profiling auf Transkript- und Proteinebene. Des Weiteren bietet die Facility auch Qualitätskontrollanalysen für RNA- und DNA-Proben an. Im Forschungsinfrastrukturportal "RIsources" der DFG ist die nCounter Core Facility unter RI_00563 gelistet.
DER NCOUNTER SPRINT PROFILER
Der nCounter SPRINT Profiler von Nanostring Technologies ist für die digitale Expressionsanalyse von bis zu 800 mRNAs oder miRNAs sowie die CNV-Analyse auf DNA-Ebene geeignet.
Für die Multiplex-Analyse verwendet das Gerät fluoreszenzmarkierte Reportersonden, die aufgrund ihrer Länge von ca. 100 Basen sehr resistent gegen mangelhafte RNA-Qualität sind und sich daher ideal für schwer zu analysierende Proben wie FFPE (Formalin-fixed, paraffin-embedded) Proben eignen.
Die Anwendung einer einzigartigen Kodierungstechnologie ermöglicht die direkte Zählung einzelner RNA-Moleküle auf allen Ebenen der biologischen Expression, mit einer Sensitivität und Spezifität, die mit der Real Time PCR (RT PCR) vergleichbar ist. Darüber hinaus werden für die Analyse nur kleinste Mengen an RNA (25-150ng) oder DNA (150ng) benötigt. Eine Reverse Transkription der RNA ist nicht erforderlich. Der SPRINT Profiler ist ein perfektes System für die Validierung von Microarrays, die Analyse von Signalwegen, die Expressionsanalyse definierter Genlisten (individuell oder vordefiniert) sowie für die Validierung von Biomarkern.
DER GEOMX DIGITAL SPATIAL PROFILER
Für die Erstellung von multizellulären Expressionsprofilen auf Transkript- und Proteinebene bietet die nCounter Core Facility den GeoMx Digital Spatial Profiler von Nanostring Technologies an, bei dem an Antikörper oder RNA-Sonden gebundene, durch Licht spaltbare Oligonukleotid-Barcodes verwendet werden, die eine nahezu unbegrenzte Multiplexfähigkeit ermöglichen (~20 000 RNAs, ≥100 Proteine). Außerdem erlaubt das Gerät eine hochkomplexe räumliche Auflösung und Quantifizierung von Proteinen und RNA (Whole Transcriptome Read-out).
QUALITÄTSKONTROLLE
Für reine Qualitätskontrollanalysen verwenden wir die Agilent TapeStation und das Qubit-System von Thermo Fisher Scientific.
